Uno de los aciertos del nuevo
Código Deontológico, aprobado por la Organización Médico Colegial aprobado en el año 2011, es la regulación de la objeción de conciencia, que es un signo del progreso moral de la sociedad. Avance que se debe en parte a los cuáqueros y a los que empezaron con la objeción de conciencia a hacer el servicio militar, y que ha permitido desarrollarlo en el campo sanitario.
Una cosa que caracteriza a la objeción de conciencia es su carácter pacífico y su fundamento religioso-moral más que político. Su intención es dar testimonio contra conductas que, aunque estén socialmente permitidas (por ejemplo, el aborto), son consideradas inadmisibles por el objetor. Lo trágico de este asunto es que pueda ser denegada, o que pueda ser utilizada de forma caprichosa, por intereses puramente egoístas.
En el artículo 55 del Código Deontológico hay un apartado que genera cierta controversia sobre el derecho a objetar ante la
obligación de informar. En este caso de conflicto de intereses, el respeto mutuo ha de ser total. El médico no es dueño de la conciencia del paciente; ha de informarle, porque la gente tiene derecho a recibir la información que le concierne y, junto a ella, la opinión cualificada del médico, que ha de informar y aconsejar.
Aunque la situación legislativa y judicial en España pueda ser penosa, los médicos tienen la
obligación de diagnosticar y de informar del diagnóstico a los padres de un feto que pudiera ser Síndrome de Down. Pero
con la información, debe darse el consejo. Y un médico que respeta la vida humana tiene que volcarse en su defensa en el momento de aconsejar a los padres. No puede hacerles violencia. Ha de respetar su libertad, tal como la respeta Dios. Pero al mismo tiempo ha de decirles que abortar un niño es un crimen.
Ocultar el diagnóstico es un fraude injusto, todo lo bienintencionado que se quiera, pero un fraude. No diagnosticar lo diagnosticable es una impericia punible. Lo que debe hacerse es aconsejar a los padres con respeto, lucidez, datos y formación. Esa es la única salida. Pero escamotear el diagnóstico, no.
En abril de 2015 se aprobó en el Reino Unido la venta libre de kits para el autodiagnóstico de infección por VIH . Esta medida ha propiciado un cierto debate sobre la eticidad de dicha práctica. En un estudio publicado en Journal of Medical Ethics (41; 809-813, 2015) se concluye que no existen objetivas dificultades éticas para que se generalice el uso de este test en el Reino Unido, pues el mismo facilitará un diagnóstico más rápido de la infección y así poder reducir las posibilidades de nuevos contagios (ver su oferta en Internet). 
